英雄选择的核心在于理解忍者定位与个人操作风格的匹配。近战型忍者如宇智波佐助擅长爆发连招，适合喜欢贴身快攻的玩家；远程控制型如奈良鹿丸则依赖策略和走位，更适合偏好战术布局的玩家。辅助型忍者如春野樱能提供治疗和团队增益，而综合型忍者如宇智波鼬则兼顾输出与生存能力。选择时需优先考虑自身操作习惯，而非单纯追求强度排名，因为高上限忍者往往需要更复杂的操作技巧才能发挥实力。
忍者的技能机制是选择时不可忽视的因素。部分忍者拥有扫地技能（如小南的纸手里剑），可在敌人倒地时继续连招；另一些则依赖浮空高度释放技能（如宇智波鼬的天照）。替身术的释放时机、通灵兽的搭配以及秘卷的选择都会直接影响战斗节奏。例如霸体秘卷适合反打，而雷击秘卷常用于起手打断。若无法精准控制攻击范围，建议选择技能判定范围较大的忍者，避免因操作失误导致无效输出或技能浪费。
资源分配与培养优先级同样影响英雄选择。新手应优先将金币投入高性价比的A级或B级忍者，而非盲目追求S忍。天赋系统、装备强化和通灵兽升级的优先级高于忍者星级提升，尤其是天赋中的基础属性加成对战力影响显著。日常副本如丰饶之间、修行之路能稳定获取铜币和经验，合理规划体力购买次数可加速成长。注意部分限时忍者（如角都）需通过决斗场币或活动获取，需提前规划资源储备。
当前版本中，佩恩天道超、须佐能乎佐助等忍者因技能适配性强而成为主流选择，但面对特定对手时，冷门忍者可能产生奇效。例如阿飞的地雷原术能克制地面技能型忍者，但会被空中技能打断。建议至少培养1-2名不同定位的忍者以应对阵容克制，同时关注技能CD时间与替身术的反制策略。忍者之间的克制关系并非绝对，更多取决于操作者对技能距离和时机的把控。
幸运夺宝等活动限时产出的忍者（如晓蛇）可能具备独特机制，但获取成本较高；而忍者商店常驻的恶灵之影药师兜等B忍性价比突出。新手初期可优先选择操作简单的速攻型阵容（如春野樱+咒印佐助），后期再逐步挑战高难度忍者。部分忍者虽然模型特效华丽，但实战表现受限于版本环境，需结合社区攻略和实战测试验证强度。
