元气骑士的隐藏关卡包括墓穴关、沼泽关和溶洞关，这三个隐藏关卡都只出现在二村（2-1）。进入这些隐藏关卡需要完成特定的前置任务，每个关卡都有独特的进入方式和挑战条件。墓穴关需要在遗迹地图1-5击败Boss后，通过解谜石碑上的符文拼图来开启通道；沼泽关则要求在森林关的奉献池中献祭武器，累计5点献祭值后击败变异的哥布林祭师；溶洞关则需在冰雪关击败Boss后解救矿工并跟随其进入矿洞。
完成隐藏关卡的进入条件后，玩家还需要应对关卡内的特殊机制。墓穴关的地面布满深坑，掉入会扣血，Boss守墓甲虫王拥有护甲回复能力，建议使用高爆发武器快速破甲；沼泽关的地面会减缓移动速度，Boss无垠黑暗之主的攻击方式多变，需注意走位；溶洞关的冰面会打滑，且冰刺会从天花板掉落造成伤害，Boss溶洞冰虫的体型会随战斗进展增长。无伤击败隐藏关Boss可获得增益Buff，死亡复活则会获得Debuff。
完成谜中谜成就需要通关全部三个隐藏关卡，奖励为混剪版Boss背景音乐；凌波微步成就要求全程不掉入墓穴的深坑；笃信成就需向森林关献祭池投入10把红色武器。这些成就的完成条件与隐藏关卡机制深度绑定，部分成就如大力出奇迹还需配合一拳等特殊武器触发机关。
从版本更新来看，隐藏关卡的设定持续丰富。5.0.0版本新增的矿工角色可直接越过溶洞关障碍；春节版本追加的墓穴和沼泽关增加了符文解谜与武器献祭的新玩法；联动活动期间完成元气骑士前传指定任务还可获取隐藏关相关的限定奖励。建议玩家关注版本公告，部分隐藏关卡的触发条件可能随更新调整。
献祭沼泽关需合理选择武器品质，白色武器仅1点献祭值而红色武器价值最高；解谜墓穴关符文时存在时间限制，需提前观察图案分布；溶洞关的冰刺伤害可通过减少爆炸类武器使用来规避。三个隐藏关卡共享每局仅出现一个的设定，无法在同次游戏中全部体验。
